Los organismos patógenos son las bacterias, virus y parásitos responsables de enfermedades. El excremento de animales, entre ellos el ser humano, generalmente contiene distintas especies de patógenos, cada uno con su propio ciclo de vida y su modo distinto de afectar la salud.
 
El tipo de infección más común se manifiesta con diarreas simples, calambres de estómago y calentura. Quienes se encuentran más propensos son los niños, niñas y personas ancianas. En casos extremos, por desgracia bastante comunes, las enfermedades causadas por patógenos fecales pueden concluir en la muerte.
 
Los medios en que se transmiten los patógenos a un cuerpo humano hasta infectarlo son las siguientes:
 
· El contacto directo con excremento fresco. En casos raros, el contacto con la orina.
· Por medio de vectores (insectos, ratones, pájaros, etc.) que transportan materia contaminada hasta el alimento o agua consumida por el ser humano.
· La ingestión de carne o verduras contaminadas.
· Beber o bañarse con agua contaminada.
· El contacto indirecto con aguas negras.
· El contacto a través de una herida en la piel.
 
El parásito con mayor presencia en la gente es el Ascaris lumbricoides, son aproximadamente mil millones de personas infectadas en el mundo. En algunas comunidades las tarifas de infección alcanzan el 100 por ciento. Esto merece especial atención en cuestión de salubridad, pues este organismo tiene una sobrevivencia de largo plazo aun fuera de un cuerpo humano, por lo que puede contaminar con facilidad a otra gente. Cuando se sabe de la existencia de este patógeno en el excremento de un individuo seguramente otros miembros de la familia lo tienen, al igual que los animales domésticos, el suelo del jardín o parcela cercana al infectado. En estos casos, es clave alejar lo más posible el excremento infectado de todas las fuentes de agua y del ciclo alimenticio. El SES, usado y mantenido correctamente, es una solución adecuada para aliviar la presencia de estos organismos (claro que esta solución debe ser paralela a otros cambios, en caso de contar con animales también se debe cuidar el contacto con sus excrementos, si una fuente de agua potable ya esta infectada se debe evitar seguir contaminándola para comenzar a purificarla, etc.)
 
Ante esta realidad, es imperante mejorar las medidas de saneamiento. Es decir, tratar materiales del baño con un proceso innocuo y sin desperdiciar agua potable, además de tener el hábito de lavar las manos después de ir al baño. El empleo de un tratador de excretas como el SES, el uso de jabón y agua antes de comer y después de ir al baño puede salvar más vidas que todas las metodologías y tecnologías modernas juntas.
 
En casi todos los climas donde habita el hombre es posible tratar, por medio del SES, a los organismos patógenos. En lugares con temperaturas bajas es menos probable que sobrevivan organismos como el Ascaris lumbricoides, mientras en países de clima templado es más común la proliferación de estos organismos si no son tratados adecuadamente. Por otro lado, los climas cálidos son propicios para elevar la temperatura de la materia orgánica con facilidad y poder oxidarla en lapsos cortos, mientras en lugares más fríos puede ser más complicado mantener el calor dentro de la composta, alargando el periodo de oxidación.Una clave importante en el tratamiento exitoso de las excretas humanas para mantener un hábitat sano, radica en conocer a quiénes debemos atacar y cómo hacerlo, así sabremos como adaptarnos a las condiciones existentes.

Los patógenos como la mayoría de los seres vivos requieren de un ambiente condicionado a sus necesidades para sobrevivir. Su supervivencia a largo plazo fuera del cuerpo humano es bastante rara. Por lo general, deben estar en un ambiente acuoso para vivir períodos largos de tiempo. Son pocos los patógenos que pueden sobrevivir por muchos días en un ambiente aeróbico como el que se da en un SES.
 
Con un diseño apropiado y un correcto mantenimiento el SES destruye a los patógenos para transformar la materia orgánica en una mezcla segura para la salud del ser humano. Finalmente, un sistema de salubridad para el tratamiento de materiales del baño debe cumplir con esta condición para ser aceptado como una buena alternativa. Una de las ventajas del SES sobre el sistema convencional en aspectos de salubridad es que no depende de la desinfección química o termal para reducir la presencia de patógenos. En un SES esto se logra por lo siguiente:
 
Contención. Los patógenos no pueden sobrevivir por mucho tiempo una vez que han abandonado el cuerpo humano. Durante miles de años, los patógenos han desarrollado parámetros químicos estrechamente ligados al cuerpo humano, entonces la presencia de estos organismos finaliza en un ambiente hostil como el aeróbico. Se trata de contenerlos en un sitio donde se puedan controlar ciertas condiciones para crear un ambiente que los elimine antes de permitirles invadir otro cuerpo donde puedan sobrevivir y seguir enfermando.
 
Competencia. Todos los organismos de la materia orgánica se encuentran en una intensa competencia por el carbono y otras sustancias nutritivas disponibles. Cuando estas sustancias se agotan, los microorganismos comienzan a consumir su propio protoplasma para obtener energía. Al morir, su protoplasma y materia celular es digerida por otros organismos. Eventualmente, si ninguna otra fuente de alimentos es presentada, toda la energía será liberada y la materia orgánica se oxidará totalmente hasta terminar como un producto estable y seguro. Esta condición de oxidación es la diferencia entre los excrementos tratados con un proceso bioquímico aeróbico y los excrementos tratados por deshidratación, pues estos últimos no necesariamente eliminaron los patógenos existentes en la materia original. La falta de oxidación no permite estabilizar el producto final. Además los sistemas de deshidratación no liberan los nutrientes de la materia orgánica, así que resulta un producto sin ningún beneficio importante para la salud del suelo.
 
Antagonismo. Algunos organismos presentes en la composta, producen sustancias tóxicas que dañan, inhiben o matan otros organismos. El tratamiento aeróbico - con presencia importante de oxígeno - favorece el desarrollo de microorganismos inofensivos que podrán comenzar a matar a los organismos poco adaptados como los patógenos.
 
Factores ambientales adversos. En un lapso de tiempo apropiado los factores como el pH en un nivel de alcalinidad (pH mayor a 9), la temperatura elevada sobre 20ºC (68ºF), una humedad entre 45% y 70% en caso de sanitarios aboneros o completamente seco en sanitarios secos y la presencia de amoníaco, juegan un papel importante para eliminar los patógenos existentes. En algunos casos se usa el método de pasteurización para eliminar a los patógenos, las temperaturas enzima de 55ºC (131ºF) son eficientes para matar rápidamente a los patógenos.Cuando las condiciones de antagonismo, contención y competencia están bien combinadas con los factores ambientales adversos, entonces no se tendrán malos olores, otra señal de estar logrando un tratamiento exitoso para las excretas humanas.