La mayoría de los nutrientes esenciales para las plantas (nitrógeno, fósforo y potasio) se encuentran en la orina. Es el fertilizante más fácil de conseguir. Al usar la orina como enriquecedor de suelo estamos cerrando un ciclo biológico.

Regresar al suelo cultivable los nutrientes que de él consumimos, además de reducir la necesidad de fertilizantes industriales es una ventaja que pueden aprovechar quienes utilizan un SES. La orina es una solución pura de nutrientes que contiene un bajo nivel de metales pesados y normalmente una presencia nula de patógenos.

Podemos aprovecharla a nivel casero o se puede crear un sistema organizado de colección de orina en zonas densamente pobladas y transportar este fertilizante a las zonas de cultivo.
 
Al separar la orina de las heces obtenemos un fertilizante nutritivo y protegemos a los cuerpos de agua (ríos, lagos y mares) de una sobre-fertilización. Es decir, que cuando un cuerpo de agua recibe exceso de nutrientes, como puede ser la presencia de nitrógeno y fósforo, se generan cambios desastrosos para el ecosistema. Mientras los nutrientes de la orina dispuestos en ecosistemas acuáticos pueden ser dañinos, estos mismos nutrientes están perfectamente balanceados como un fertilizante completo y listo para aplicarse en las plantas y enriquecerlas con elementos esenciales para su crecimiento.
 
Los efectos del nitrógeno y fósforo de la orina son muy parecidos a los de un fertilizante químico, pero su producción requiere menos energía y, tanto el costo económico como ecológico, es mucho menor en un fertilizante de orina. Por ejemplo, se requiere procesar 500 litros de aceite para producir la misma cantidad de nutrientes que generan 10 personas durante un año con su orina, además de que este fertilizante contiene menos metales pesados que uno artificial.
 
Aunque la orina originalmente está libre de microbios que nos enferman, puede tener contacto con los patógenos de las heces y estar contaminada. Pero estos microbios pueden eliminarse fácilmente sin riesgo de perder a los nutrientes.
 
Debido a la poca información sobre el efecto del exceso de medicamentos presentes en la orina, es recomendable no colectarla en hospitales o zonas donde los habitantes consumen demasidos medicamentos.
 
El proceso de aprovechar la orina como fertilizante puede funcionar en distintos contextos. Puede manejarse a nivel casero: quienes producen la orina también se encargan de tratarla hasta aplicarla en jardines o cultivos propios. O puede organizarse un sistema a nivel comunitario donde se ven involucrados otros factores: se colecta la orina de todo un grupo de personas, quienes tienen un acuerdo con agricultores que aprovechan este recurso como un enriquecedor de suelo en zonas de cultivo. Este sistema es una alternativa interesante para zonas urbanas que no pueden aprovechar este valioso recurso en su propio hogar. Es un sistema de apoyo mutuo capaz de cerrar un ciclo de nutrientes: la ciudad se alimenta del campo y el campo se nutre de la ciudad.
 
Es importante que todos los involucrados en el uso del SES conozcan cómo funciona todo el sistema y estén motivados por los beneficios que ofrece.
 
Cuando el sistema resulta cómodo y atractivo para los usuarios la recolección de nutrientes es exitosa sin mayores inconvenientes para los involucrados en el proyecto de recolección de orina para fertilizar el suelo.
Es recomendable trabajar en un buen diseño e instalación del sistema. Sobretodo para que los hombres puedan orinar cómodamente y usar correctamente el separador de orina.