Aunque el diseño de cada sanitario puede variar en algunos detalles, básicamente el SES funciona según el tipo de tratamiento que se utiliza (deshidratación o composteo) y adapta los elementos que lo componen de la siguiente forma:
 
En un SES separador el asiento o taza esta especialmente diseñado para separar las heces de la orina. En este caso se requiere de dos tipos de contenedor, uno para almacenar y tratar a los sólidos (heces) y otro para almacenar la orina. Generalmente la taza se coloca sobre la cámara en uso para que las heces caigan directamente a ella. Las excretas se van acumulando aquí hasta que el contenedor o cámara esté llena, entonces dejamos de agregarle más excretas, pero seguimos tratándolas durante 6 meses más para que terminen de deshidratarse y estar seguros que los microbios que nos enferman han desaparecido. Lo importante es tener siempre una cámara en uso mientras en otra se terminan de procesar las excretas. Podemos tener dos cámaras de uso alterno de dimensiones suficientes para usar una durante medio año mientras la otra está en tratamiento. Para cuando la cámara en uso esté llena ya podemos vaciar la cámara en tratamiento y comenzar el ciclo de nuevo. O podemos tener una sola cámara con pequeños contendores movibles que llevamos a otro sitio para terminar con el tratamiento. La orina es dirigida con tubería desde la taza hasta un bote o garrafón si la vamos a utilizar como fertilizante o podemos mandarla a un filtro o pozo en el suelo si no deseamos aprovecharla como enriquecedor de suelo. El tercer elemento en un SES es como el polvo mágico que convierte las excretas en un material inofensivo a nuestra salud y además evita olores desagradables en nuestro sanitario. A este elemento lo llamamos mezcla o agregado y también depende del tipo de tratamiento. En un sanitario separador el objetivo es deshidratar las excretas, entonces debemos agregar una mezcla seca y de propiedades alcalinas. Puede ser tierra seca mezclada con un poco de cal o ceniza. Agregar esta mezcla secante cada vez que usamos el SES para cubrir nuestro deposito es la clave para evitar olores desagradables mientras se transforman los sólidos.
 
Respecto a los sanitarios sin separación, el asiento o taza es muy parecido a un WC, pero con una diferencia importante: no tiene un tanque de agua. Es un asiento desde donde el usuario realiza su deposito. La orina y heces caen a un mismo contenedor o cámara. En este caso la cámara debe estar diseñada para tratar las excretas por oxidación, es decir, deben contar con buena ventilación para que la materia que contiene este constantemente oxigenada. Al igual que en un SES separador, pueden utilizarse dos cámaras alternas o pequeños contenedores intercambiables, pero probablemente deberán ser de mayor volumen porque ahí se tratan sólidos y líquidos, lo que implica agregar más cantidad de mezcla o agregado. En este caso el tratamiento es más parecido al proceso de hacer una composta (abono orgánico), donde el equilibrio y balance del material depositado en la cámara es clave para una transformación efectiva y sin olores. Podemos utilizar aserrín, hojas secas, etc. para cubrir las excretas cada vez que usamos el SES, lo importante para lograr un buen balance es agregar un material rico en carbono.
 
En cualquier SES el sistema de ventilación es importante. Las cámaras o contenedores pueden ventilarse mediante un tubo que al calentarse con el sol succiona el aire dentro de ellas y permite una circulación constante de oxígeno. O puede contar con un ventilador eléctrico. Las cámaras son construidas sobre la superficie de la tierra para evitar filtraciones. Dos cámaras de 300 a 500 litros de capacidad pueden ser suficientes para una familia de 5 personas. Pero si quieres hacer el calculo puede ayudarte saber que durante un periodo de 6 meses una persona llena aproximadamente un espacio de 60 Lts.
 
Hay quienes prefieren al tratamiento por deshidratación porque consideran que al separar las excretas es más fácil evitar olores desagradables y les resulta más sencillo deshidratarlas que balancearlas y transformarlas por oxidación. Al usar la orina como fertilizante se aprovecha el valor nutritivo de las excretas, pues es la orina la que contiene la mayor cantidad de nitrógeno, fosfato y potasio. El valor nutritivo de los sólidos es casi nulo y además son las heces las que contienen a los microbios que nos enferman. Como la orina no contiene pátogenos, podemos aplicarla como fertilizante inmediatamente sin riesgo de transmitir enfermedades.
 
Quienes eligen tratar las excretas por oxidación obtendrán de sus cámaras un abono rico en nutrientes gracias a la combinación balanceada de elementos ricos en carbono, nitrógeno, fosforo y potasio, todos ellos indispensables para el buen crecimiento de las plantas. Aunque se debe esperar para aplicar este enriquecedor de suelo, puede resultar atractivo porque no requiere de un mueble especial. Para algunas personas resulta más cómodo hacer su deposito sin poner atención a mecanismos de separación y entonces prefieren mezclar las excretas y tratarlas en el mismo contenedor.
 
Cualquiera de estas opciones es valida, eficiente y segura. Tú decides, el SES puede adaptarse a cualquier sitio, necesidad, gusto y ambiente. Existe una gran variedad de modelos que te pueden inspirar y ayudar a crear tu propio diseño para adaptar tus necesidades y preferencias a las condiciones del medio ambiente.